Năm 1996, Cty Thương mại Nông nghiệp Charoen Pokphand (C.P) đã sản xuất giống cá rô phi đỏ Tabtim nuôi trong lồng bằng cách lai chéo giống rô phi đen, rô phi đỏ Đài Loan và giống rô phi đỏ Florida.
Cục Nghề cá Thái Lan (DOF) đã phối hợp với công ty đưa ra thử nghiệm hệ thống nuôi lồng thâm canh cá rô phi đỏ toàn đực, thả giống mật độ cao và cho ăn bằng thức ăn viên. Kỹ thuật này cho phép nuôi cá cỡ 600g-1,5kg ở sông hoặc hồ với thời gian nuôi tương đối ngắn.
Hệ thống nuôi này đã được phổ biến rộng rãi ở miền Bắc và miền Trung Thái Lan, chủ yếu thông qua hợp đồng trong đó Cty C.P cung cấp giống, thức ăn và mua lại sản lượng cá với giá cố định.
Nuôi lồng đã phát triển như một hình thức nuôi đạt tiêu chuẩn, đơn giản và có lãi cao. Mỗi lồng đầu tư khoảng 250 USD chi phí giống và thức ăn, mỗi vụ nuôi cần 1.600 con giống. Hệ thống nuôi lồng cho sản lượng 0,8-1 tấn, mang lại doanh thu 768-972 USD, đủ bù đắp chi phí đầu vào và hoàn trả 1/2 vốn đầu tư trong 1 vụ.
Cá rô phi đỏ có giá bán cao nhất. Có thể dùng cá cỡ lớn để sản xuất sản phẩm philê và xuất khẩu ở dạng nguyên con đông lạnh. So với hình thức nuôi ao, cá rô phi nuôi lồng hoàn toàn không có những mùi vị không mong muốn.
Mỗi trại có 8-28 lồng nuôi, chủ yếu trên sông Mêkông, Mun và Chao Pharaya. Thành phần người nuôi khá đa dạng từ nông dân, công chức đến chủ cửa hàng, thợ xây và thậm chí cả giáo sư. Nhiều người coi nuôi thủy sản là việc làm thêm, nhưng cũng có nhiều nông dân đã bỏ trồng lúa hoặc nuôi lợn và chuyển hẳn sang nuôi cá rô phi lồng do lợi nhuận cao hơn và công việc không quá nặng nhọc.
Khó khăn chính khi nuôi cá rô phi lồng không phải là vấn đề kỹ thuật mà là vốn đầu tư (65-250 USD/lồng). Bên cạnh đó, các ngân hàng dường như vẫn còn lưỡng lự khi cho vay để đầu tư vào hình thức nuôi mới này. Do vậy, một số người và nhóm người nuôi cá đã dùng vốn tự có hoặc tiếp cận những khoản hỗ trợ đầu tư thông qua DOF.
Mặc dù lồng nuôi cá rô phi có kết cấu giống nhau: bằng bè gỗ hoặc kim loại với lưới bao quanh, nhưng kích cỡ và thể tích của từng lồng lại dao động trong khoảng 13-62 m3. Cỡ cá giống khi thả khoảng 25-50g, mật độ thả 29-97 con/m3. Năng suất thu hoạch đạt 14-108kg/m3, hệ số thức ăn là 1-1,7 đối với cá cỡ 600-800g và 1,1-1,8 đối với cá cỡ 900-1.200g. Thời gian nuôi cá đến cỡ 600-800g là 90-120 ngày và đến cỡ 900-1.000g là 120-150 ngày với tỷ lệ sống 80-90% cho cả 2 loại.
Các trại nuôi cá rô phi có chi phí và lợi nhuận khác nhau. Chi phí nuôi từ 0,72-0,98 USD/kg, trong đó chi phí thức ăn chiếm 80-94%. Đây chính là lý do tại sao 1/2 số người nuôi thích sử dụng thức ăn nuôi cá trê lai hơn thức ăn nuôi cá rô phi có giá đắt hơn.
Sự khác biệt về chi phí nuôi và giá bán tại trại giữa cá rô phi đen và cá rô phi đỏ (giá cá rô phi đen từ 0,92-1,15 USD/kg và cá rô phi đỏ từ 1,00-1,15 USD/kg) khiến mức lợi nhuận cũng dao động trong khoảng 0,06-0,5 USD/kg. Chi phí cố định (đầu tư, bảo dưỡng và lao động) được tính theo đơn vị năm với sản lượng hàng năm được tính trong 2-2,5 vụ nuôi/lồng. Lãi ròng ước đạt khoảng 0,02-0,46 USD/kg.
Nuôi cá rô phi lồng tạo ra mảng thị trường đặc biệt. Ngay tại nơi nuôi, cá rô phi đen nuôi lồng có giá bán cao hơn cá rô phi đen nuôi ao. Còn cá rô phi đỏ thường có giá bán 1,76 USD/kg cá cỡ 600g, cao hơn so với 1,50-1,59 USD/kg cá rô phi đen cùng cỡ.
Năm 2002, Thái Lan xuất khẩu 4.300 tấn cá rô phi, phần lớn là cá rô phi nguyên con đông lạnh xuất sang Arập Saudi và 700 tấn philê và cá rô phi đỏ nguyên con tươi ướp lạnh xuất sang Xingapo.
Mặc dù cá rô phi nuôi lồng đạt cỡ đủ lớn để chế biến philê đông lạnh xuất khẩu, nhưng nguồn cung cấp chủ yếu cá rô phi cho thị trường là cá rô phi đen cỡ 0,9-1,2kg nuôi thâm canh tại các vùng nước lợ gần các nhà máy chế biến ở vùng đồng bằng miền Trung Thái Lan. Theo giá nhập khẩu cá rô phi năm 2002 của Mỹ, sản phẩm cá rô phi của Thái Lan có mức giá cạnh tranh. Bên cạnh đó, Thái Lan cũng xuất khẩu cá rô phi sang Lào và các nước láng giềng khác.