Tình hình nuôi tôm biển của Bến Tre hiện nay đang gặp nhiều khó khăn do dịch bệnh trên tôm đã bùng phát và thiệt hại không nhỏ, nhưng nhìn chung kinh tế thủy sản trong tỉnh không ngừng phát triển cả nuôi trồng, đánh bắt và chế biến xuất khẩu.
Tốc độ phát triển khá nhanh, tăng trưởng trong giai đoạn 2006 - 2010 khoảng 14,7%, trong năm 2011 tăng 13,74%. Tổng giá trị sản xuất toàn ngành thủy sản năm 2011 đạt 11.560 tỷ đồng, chiếm 40% khu vực I, thể hiện trên từng lĩnh vực cụ thể.
Nuôi trồng thủy sản phát triển khá mạnh trong những năm gần đây, nhất là các vùng ven biển với các đối tượng nuôi chủ lực như tôm chân trắng, tôm sú, nghêu, sò huyết, cua biển. Các xã vùng ngọt phát triển nuôi tôm càng xanh, cá da trơn. Qua nhiều năm phát triển thủy sản, hiện tại, các vùng nuôi đã được ngành nông nghiệp tổ chức quản lý khá tốt, truy xuất nguồn gốc chặt chẽ, sản phẩm nuôi đạt chất lượng cao, không vi phạm an toàn vệ sinh thực phẩm, đáp ứng tốt nhu cầu cung ứng nguồn nguyên liệu cho chế biến và xuất khẩu. Theo thống kê, hiện toàn tỉnh có tổng diện tích nuôi thủy sản 43.000 ha, trong đó tôm biển nuôi thâm canh, bán thâm canh 5.200 ha, tôm biển nuôi quảng canh cải tiến, tôm xen rừng, xen lúa với diện tích trên 26.000 ha, nhuyễn thể 4.700 ha (3.600 ha nghêu, 1.100 ha sò huyết), cá da trơn 650 ha... Tổng sản lượng nuôi đạt 195.000 tấn/năm, trong đó cá da trơn 126.000 tấn, nhuyễn thể 13.000 tấn, tôm biển 37.000 tấn… Giá trị sản xuất nghề nuôi thủy sản năm 2011 đạt 8.400 tỷ đồng, trong đó có trên 90% sản lượng nuôi có giá trị kinh tế cao. Về đánh bắt, Bến Tre được xác định là một trong những tỉnh đi đầu về đội tàu đánh bắt xa bờ trong cả nước với nhiều ngành nghề phong phú như lưới rê, câu mực, lưới vây, lưới kéo. Đội ngũ thủy thủ có tay nghề cao được rèn luyện trong nhiều năm. Cơ sở hạ tầng ngày càng hoàn thiện như đã hình thành được 3 cảng cá ở Ba Tri, Bình Đại, Thạnh Phú, chợ cá, các ụ neo đậu trú bão. Hiện số tàu khai thác thủy sản toàn tỉnh có trên 4.300 tàu với tổng công suất 700.000CV, bình quân 167CV/tàu. Trong đó, có 1.733 tàu đánh bắt xa bờ, chiếm 40% tổng số tàu thuyền hiện có. Phần lớn tàu thuyền hoạt động tại vùng biển Nam Côn Sơn. Tổng sản lượng khai thác 120.000 tấn/năm, chiếm 42% tổng sản lượng thủy sản toàn tỉnh. Các sản phẩm cá chủ lực mang lại hiệu quả kinh tế cao chiếm 54%, mực chiếm 13%, giá trị sản xuất năm 2011 đạt 3.160 tỷ đồng. Dịch vụ nghề cá phát triển ngày càng tốt hơn, cảng cá Ba Tri, Bình Đại hàng năm tiếp nhận trên 60.000 tấn thủy sản các loại và cung cấp dịch vụ hậu cần cho nghề cá ra khơi hiệu quả. Riêng đối với lĩnh vực chế biến xuất khẩu, toàn tỉnh hiện có 5 nhà máy với tổng công suất 50.000 tấn/năm. Theo đánh giá của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT), so với khu vực ĐBSCL, Bến Tre là một trong những tỉnh còn yếu về chế biến thủy sản xuất khẩu. Nguyên nhân do trước đây việc đầu tư cơ sở hạ tầng chưa hoàn chỉnh, giao thông khó khăn, các khu - cụm công nghiệp chưa được đầu tư. Trong năm 2011, thu mua nguyên liệu chỉ đạt 24.500 tấn, thành phẩm thủy sản đông lạnh xuất khẩu đạt 20.000 tấn. Hai mặt hàng xuất khẩu chính là cá tra và nghêu, giá trị ngoại tệ xuất khẩu đạt 54 triệu USD. Trong khi đó diện tích nuôi và sản lượng nuôi tôm trong tỉnh rất lớn nhưng hoàn toàn không có nhà máy chế biến nào trong tỉnh thu mua. Vì vậy, gần như 100% sản lượng tôm trong tỉnh đều ra ngoài tỉnh.
Hiện nay hạ tầng giao thông trong tỉnh đã được đầu tư đồng bộ hơn, nhiều công trình như cầu Rạch Miễu, phà Cổ Chiên, phà Đình Khao hoạt động cùng với hệ thống điện, nước, thông tin liên lạc ngày càng hoàn thiện hơn, các khu công nghiệp được tiếp tục đầu tư mở rộng, chính sách thu hút đầu tư thông thoáng. Bến Tre là tỉnh có nguồn nguyên liệu thủy sản dồi dào đáp ứng tốt nhu cầu chế biến xuất khẩu, nhiều vùng nuôi, đối tượng nuôi được chứng nhận như GlobalGAP cho cá tra, MSC cho nghêu. Tuy nhiên, thực tế kinh tế thủy sản Bến Tre cũng còn nhiều việc phải làm như năng lực chế biến xuất khẩu chưa tương xứng với tiềm năng hiện có, các nhà máy chỉ chạy theo lợi nhuận đơn thuần tập trung vào mặt hàng cá tra fillet và nghêu luộc đông lạnh mà không đầu tư chế biến những mặt hàng tôm có sản lượng lớn, giá trị cao. Qui hoạch vùng khai thác còn yếu, cơ cấu ngành nghề khai thác chưa cân đối, nhất là nghề lưới kéo tăng cao, gây áp lực lớn cho nghề đánh bắt thủy sản. Chưa có giải pháp hiệu quả để ngăn chặn lượng tàu khai thác ven bờ, có tính lạm sát nguồn lợi thủy sản. Chứng nhận MSC cho con nghêu đã hơn 2 năm nhưng chưa phát huy hiệu quả, nguồn nguyên liệu còn thiếu nghiêm trọng bởi chưa tăng được diện tích, sản lượng để có thể tăng cao nguồn xuất khẩu nghêu. Hệ thống thủy lợi phục vụ nghề nuôi thủy sản chưa đáp ứng nhu cầu phát triển, nguồn giống tốt chưa đủ phục vụ nghề nuôi, quản lý dịch bệnh còn nhiều bất cập, chưa ngăn chặn được dịch bệnh trên tôm nuôi, giá đầu ra sản phẩm không ổn định, nhất là đối với cá tra.
Theo ông Nguyễn Minh Cảnh - Phó Giám đốc Sở NN&PTNT, để kinh tế thủy sản Bến Tre phát triển ổn định, bền vững và vươn xa ra thị trường quốc tế phải có sự quan tâm hỗ trợ từ phía các bộ, ngành Trung ương, sự liên kết giữa các tỉnh trong khu vực và sự nỗ lực phấn đấu của từng địa phương trong tỉnh. Trong đó, Trung ương hỗ trợ qui hoạch lại nghề khai thác thủy sản đồng bộ, mang tính khả thi cao. Phân bố chỉ tiêu phát triển tàu thuyền từng khu vực cụ thể, phù hợp với điều kiện ngư trường.
Có chính sách chuyển đổi nghề khai thác thủy sản ven bờ bởi nó có tính lạm sát nguồn lợi thủy sản cao. Cũng theo lãnh đạo ngành thủy sản, cần tăng cường công tác khuyến ngư trong lĩnh vực khai thác vì trước nay lĩnh vực này chưa được chú trọng. Xúc tiến nhanh chương trình hợp tác khai thác thủy sản với các nước trong khu vực. Ưu tiên bố trí vốn đầu tư cơ sở hạ tầng phục vụ nghề nuôi, có chương trình, dự án nghiên cứu các đối tượng thủy sản chủ lực như tôm sú, tôm thẻ chân trắng, cá tra, tập trung khoa học công nghệ cho các đối tượng nuôi chủ lực. Xúc tiến thành lập Hiệp hội cá tra để thống nhất quản lý từ khâu sản xuất giống, nuôi thương phẩm đến chế biến xuất khẩu. Đặc biệt, sớm khắc phục tình trạng cạnh tranh không lành mạnh, nguồn nguyên liệu khi thừa khi thiếu, giá cả bấp bênh. Trên lĩnh vực đầu tư ngoài các khu công nghiệp đã đầu tư, tỉnh cần tiếp tục đầu tư mở rộng, ưu tiên bố trí các khu vực riêng thuận lợi giao thông thủy bộ, cách nguồn nước bị ô nhiễm để thu hút đầu tư chế biến thủy sản. Có chính sách thu hút đầu tư các nhà máy chế biến thủy sản vào tỉnh, nhất là đầu tư các lĩnh vực khoa học công nghệ, ứng dụng công nghệ mới, tạo ra sản phẩm có giá trị gia tăng cao trong chế biến thủy sản.